Казалось было всё понятно с правилами внесения изменений в проектную документацию, ещё в 2011 этот процесс подробно описал.

Всё, что делал потом с этой статьёй - это менял наименование ТНПА в соответствии с которым вносятся изменения. Например, ГОСТ 21.101-93 "Основные требования к рабочей документации" заменил на СТБ 2255-2012 «Система проектной документации для строительства. Основные требования к документации строительного проекта».

СТБ 2255-2012

Стройдокумент - СТБ 2255-2012

Как оказалось, обосновать с точки зрения действующих ТНПА  необходимость оформления изменение по каким-либо правилам для стадии стадии "Архитектурный проект" не могу, т.к. в соответствии с областью применения СТБ 2255-2012 распространяется только на стадию "Строительный проект".

СТБ 2255-2012 не распространяет своё действие на стадию "С"

СТБ 2255-2012 не распространяет своё действие на стадию "С"

Примечание о том что требования раздела 7 СТБ 2255-2012  (Правила внесения изменений в документацию строительного проекта, выданную заказчику), приложение E (Правила оформления основной надписи, дополнительных граф к ней), приложение K (Оформление разрешения на внесение изменений в ранее выданную документацию) распространяются также на стадию "Архитектурный проект" отсутствуют.

Таким образом, проектировщик внесение изменений в проект для стадии "Архитектурный проект", в настоящий момент, может оформлять как угодно. Оснований у экспертизы для замечаний к оформление нет.